Quando i Medici acquistarono il Palazzo Pitti nel 1550, il Giardino di Boboli venne chiamato, "Giardino dei Pitti". Il nome "Boboli" viene dalla collina Boboli, che molto probabilmente ricevette la sua nome da una contrazione del nome "Borgoli" oppure "Borgolini", una famiglia che possedeva case e terra nella zona. Il Giardino venne cambiato e ridisegnato molte volte da quel tempo. Naturalmente, le parti piú vicine al Palazzo furono le prime ad essere sviluppate. Niccoló Pericoli, detto "Tribolo", fu il primo architetto del Giardino. Il suo disegno diventó la base per tutti i giardini reali dell'Europa, incluso quello di Versailles.